"Koncem 15. století na poli v místech dnešního kostela vyoral jistý občan jménem Křečka sošku sv. Anna asi půl lokte dlouhou (cca 30 cm) z tmavého dřeva. Odnesl si ji domů, očistil a zamkl do truhly. Soška se však po třikráte vracela na původní místo. Tento fakt byl vykládán jako boží znamení a vedl zbožné měšťany k postavení dřevěné kapličky." Tato pověst je zaznamenána v Pamětní knize arciděkanství v Horšovském Týně.

Lokalita se těšila veliké oblibě, zejména po objevení studánky, jejíž voda měla navracet poškozený i ztracený zrak a napomáhat svěžesti těla (studánka zanikla při stavbě nové silnice).

Kvůli stoupajícímu věhlasu bylo založeno Bratrstvo sv. Anny, do kterého patřili nejen erbovní měšťané (Jan Sylván z Feldenštejna), ale i okolní šlechtici (Černínové z Chudenic, Vřesovští) a hlavně majitelé Horšovskotýnského panství Jiří a Volf z Ronšperka. Toto bratrstvo potvrdil roku 1563 papež Alexandr III.

Základní kámen kostela byl položen roku 1507, kostel by dokončen a slavnostně vysvěcen 5. dubna 1516. Svěcení se ujal Řezenský biskup Petr Kraft.

Za Lobkoviců trvala tradice poutí ke svaté Anně.

Největší slávu přinesli kostelu Trauttmansdorffové, kteří vlastnili panství od roku 1623 do 1945. Kněžna Anna Marie z Trauttmansdorffu (rozená z Liechtenšteinu) nechala na své náklady postavit v areálu kostela kapli Božího hrobu a při cestě od města 5 kamenných zastavení sybolizující Křížovou cestu. Jižně od areálu nechala postavit obytné stavení pro osm lidí, kteří se starali o údržbu. Toto skromné stavení lehlo roku 1945 popelem, dodnes zbyly jen základy.

Za hraběte Franze Norberta z Trauttmansdorffu (1705 - 1786) došlo k rozsáhlým úpravám interiéru i exteriéru kostela v duchu vrcholného baroka. Kostel v této době měl tři oltáře: sv. Anny - hlavní oltář, sv. Rocha a Panny Marie - boční oltáře, všechny z dílny významného plzeňského umělce Karla Legáta.

V 19. století vznikla pod kostelem rodinná hrobka Trauttmansdorffů. Byla stavěnba v letech 1839 - 1842. Současně také došlo k postavení márnice a k přeměně okolní krajiny v lesopark.

Po roce 1945 po vyvlastnění postupně areál chátral a stával se cílem výtržníků a vandalů. Roku 1968 došlo k vniknutí do hrobky a znesvěcení ostatků a vykradení hrobů. Ani mobiliář kostela neušel vandalům. Varhany byly rozkradeny, lavice a oltáře polity naftou a před kostelem spáleny. Pouze sochy sv. Anny a sv. Rocha jsou dnes uloženy na zámku v depozitáři.

Nebýt Sametové revoluce došlo by k úplnému zničení a zbourání kostela. Bohužel ani změna poměrů nepřinesla kostelu záchranu. Sice byly obnoveny procesí z Německa a opravena střecha, ale bohužel celková oprava tohoto místa se zatím nekonala a neplánuje se.

Dnes je kostel zcela uzavřen. Navštívit ho můžete při mši ke svátku sv. Anny v červenci, nebo v červnu při velké bitvě, kterou pořádá skupina historického šermu Samotáři z Horšovského Týna, popř. při předchozí domluvě se správou státního zámku v Horšovském Týně.